После того как на Землю напали инопланетяне, Том Мейсон, бывший профессор истории, и его сыновья оказались в рядах повстанческой армии. В начале второго сезона прошло три месяца с тех пор, как Том был вынужден уйти с инопланетянами в обмен на жизнь Бена. Командующий Уивер по прежнему возглавляет Второй Массачусетский, а медиком по-прежнему остается Энн. Людям приходится прятаться и довольствоваться мелкими вылазками. 

В полку была сформирована группа так называемых берсерков, которым Уивер не может доверять полностью, а Том Мейсон, которого пришельцы вернули, становится мишенью для обвинений некоторых однополчан. Разногласия между Беном, возвратившимся из плена, и Хэлом растут. Впереди у героев встречи с потерянными родственниками и старыми друзьями, раскрытие важных тайн и новые сражения с пришельцами. Кроме того, довольно скоро герои узнают, что известно о пришельцах далеко не все, и что им предстоит встреча с новым видом инопланетных существ.