У агентов «Щ.И.Т.» нелегкая работа: им приходится не только тесным образом общаться с супергероями и делать все возможное, чтобы инциденты с их участием не вызывали у окружающих негативной реакции, но и расследовать самые разные происшествия, в которых участвуют люди с паранормальными способностями и неизвестные широкой общественности технологии. Теперь, когда в одной только Америке существует несколько супергероев, а Землю периодически навещают инопланетяне и обитатели Асгарда, агентам предстоят необозримые объемы работы. 

Агенту Колсону и его команде в последнее время пришлось особенно тяжело: появление устройства, способного воскрешать людей, борьба с проектом «Многоножка» и появление «Г.И.Д.Р.А.», которая, как выяснилось, скрывалась и множила силу в рядах «Щ.И.Т.»... Агенты Колсон и Мэй, а также их люди, вставшие на пути проекта «Многоножка», столкнулись с предательством и чуть не погибли в борьбе с врагом, однако в последний момент «Щ.И.Т.», стоящий на пороге разительных изменений, оказал им помощь. Это, впрочем, еще не конец для Колсона и его агентов: пропавший отец хакерши Скай, вступившей в агентство, чтобы найти родителей, узнал от своей подчиненной местонахождение дочери и планирует сделать свой шаг.